Virus adalah entitas biologis paling banyak di planet ini. Sekarang para peneliti telah mengidentifikasi lebih dari 140.000 spesies virus yang hidup di usus manusia, lebih dari setengahnya belum pernah terlihat sebelumnya.

Virus adalah entitas biologis paling banyak di planet ini. Sekarang para peneliti di Wellcome Sanger Institute dan EMBL’s European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) telah mengidentifikasi lebih dari 140.000 spesies virus yang hidup di usus manusia, lebih dari setengahnya belum pernah terlihat sebelumnya.

Makalah, yang diterbitkan hari ini (18 Februari 2021) di Cell , berisi analisis lebih dari 28.000 sampel mikrobioma usus yang dikumpulkan di berbagai belahan dunia. Jumlah dan keragaman virus yang ditemukan para peneliti ternyata sangat tinggi, dan data tersebut membuka jalan penelitian baru untuk memahami bagaimana virus yang hidup di usus memengaruhi kesehatan manusia.

[ads]

Usus manusia adalah lingkungan dengan keanekaragaman hayati yang luar biasa. Selain bakteri, ratusan ribu virus yang disebut bakteriofag, yang dapat menginfeksi bakteri, juga hidup di sana.

Diketahui bahwa ketidakseimbangan dalam mikrobioma usus kita dapat menyebabkan penyakit dan kondisi kompleks seperti Penyakit Radang Usus, alergi dan obesitas. Tetapi relatif sedikit yang diketahui tentang peran bakteri usus kita, dan bakteriofag yang menginfeksinya, bermain dalam kesehatan dan penyakit manusia.

Menggunakan metode pengurutan DNA yang disebut metagenomik, para peneliti di Wellcome Sanger Institute dan EMBL’s European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) menjelajahi dan membuat katalog keanekaragaman hayati spesies virus yang ditemukan di 28.060 metagenom usus manusia publik dan 2.898 genom isolat bakteri yang dibudidayakan dari manusia. usus.

Analisis tersebut mengidentifikasi lebih dari 140.000 spesies virus yang hidup di usus manusia, lebih dari setengahnya belum pernah terlihat sebelumnya.

Dr Alexandre Almeida, Postdoctoral Fellow di EMBL-EBI dan Wellcome Sanger Institute, mengatakan: “Penting untuk diingat bahwa tidak semua virus berbahaya, tetapi mewakili komponen integral dari ekosistem usus. Untuk satu hal, sebagian besar virus yang kami temukan memiliki DNA sebagai materi genetiknya, yang berbeda dengan patogen yang diketahui kebanyakan orang, seperti SARS-CoV-2 atau Zika, yang merupakan virus RNA.

Kedua, sampel ini terutama berasal dari individu sehat yang tidak memiliki penyakit tertentu. Sangat menarik untuk melihat berapa banyak spesies tak dikenal yang hidup di usus kita, dan mencoba mengungkap hubungan antara mereka dan kesehatan manusia. “

Di antara puluhan ribu virus yang ditemukan, klade baru yang sangat umum – sekelompok virus yang diyakini memiliki nenek moyang yang sama – diidentifikasi, yang oleh penulis disebut sebagai Gubaphage. Ini ditemukan sebagai klade virus paling umum kedua di usus manusia, setelah crAssphage, yang ditemukan pada tahun 2014.

[ads]

Kedua virus ini tampaknya menginfeksi jenis bakteri usus manusia yang serupa, tetapi tanpa penelitian lebih lanjut sulit untuk mengetahui fungsi pasti dari Gubaphage yang baru ditemukan.

Dr Luis F. Camarillo-Guerrero, penulis pertama studi dari Wellcome Sanger Institute, mengatakan: “Aspek penting dari pekerjaan kami adalah untuk memastikan bahwa genom virus yang direkonstruksi memiliki kualitas tertinggi. Saluran kontrol kualitas yang ketat ditambah dengan Pendekatan pembelajaran mesin memungkinkan kami untuk mengurangi kontaminasi dan mendapatkan genom virus yang sangat lengkap. Genom virus berkualitas tinggi membuka jalan untuk lebih memahami peran apa yang dimainkan virus dalam mikrobioma usus kami, termasuk penemuan perawatan baru seperti antimikroba dari asal bakteriofag. “

Hasil studi membentuk dasar dari Gut Phage Database (GPD), database yang sangat terkurasi yang berisi 142.809 genom fag non-redundan yang akan menjadi sumber daya yang tak ternilai bagi mereka yang mempelajari bakteriofag dan peran yang mereka mainkan dalam mengatur kesehatan keduanya. bakteri usus dan diri kita sendiri.

Dr Trevor Lawley, penulis senior studi dari Wellcome Sanger Institute, mengatakan: “Penelitian bakteriofag saat ini sedang mengalami kebangkitan. Katalog virus usus manusia berkualitas tinggi dan berskala besar ini datang pada waktu yang tepat untuk berfungsi sebagai cetak biru untuk memandu analisis ekologi dan evolusi dalam studi virome di masa mendatang. ” [sd]